抗戰(zhàn)爆發(fā)后，桂永清率教導(dǎo)總隊(duì)參加淞滬戰(zhàn)役，南京保衛(wèi)戰(zhàn)使教導(dǎo)隊(duì)元?dú)獯髠Y介石很不滿。豫東戰(zhàn)敗，桂永清負(fù)罪見蔣介石，被撤掉軍長(zhǎng)，改任戰(zhàn)時(shí)干部訓(xùn)練團(tuán)團(tuán)長(zhǎng)
“西安事變”發(fā)生后，桂永清即率教導(dǎo)總隊(duì)馳赴陜西救蔣介石。剛到鄭州時(shí)，接到何應(yīng)欽要他在陜西華陰待命的來電。１２月１８日，桂永清接電向渭南攻擊前進(jìn)，至上午９時(shí)攻占了渭南。１２月２５日，蔣介石被釋后由西安飛抵洛陽時(shí)，桂永清受到蔣的嘉勉。不久，蔣介石特任桂永清為特使，前往英國(guó)參加英王加冕大典。
抗日戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)后，１９３７年９月，桂永清從英國(guó)回國(guó)后，即率教導(dǎo)總隊(duì)投入淞滬戰(zhàn)役。此時(shí)，教導(dǎo)總隊(duì)已擁有步兵１６個(gè)團(tuán)，騎、炮、工兵、通訊、汽車各一個(gè)團(tuán)，另有四個(gè)獨(dú)立營(yíng)、一個(gè)獨(dú)立連，官兵總數(shù)超過一個(gè)正規(guī)軍的編制。蔣介石對(duì)之十分重視，將其作為御林軍使用，如今，桂永清當(dāng)上了隊(duì)長(zhǎng)，不知令多少人眼紅。
淞滬會(huì)戰(zhàn)失敗后，日軍已經(jīng)兵臨南京城下。蔣介石決定，以中央軍堅(jiān)守南京，與日軍抗衡。而教導(dǎo)總隊(duì)，由于其本身具有御林軍性質(zhì)，故不編入戰(zhàn)斗序列，而是隨國(guó)民政府一并撤向漢口。
桂永清卻向蔣介石主動(dòng)請(qǐng)戰(zhàn)，他抱怨中央軍各主力都輪番上陣了，而教導(dǎo)隊(duì)卻一直掖著藏著，好像他們是陶瓷做得，經(jīng)不起摔打。蔣介石不得不吐露心聲：“教導(dǎo)隊(duì)乃是國(guó)軍精華，不是普通士兵，是未來的軍隊(duì)骨干，每傷亡一個(gè)人，其損失甚至超過一個(gè)班，一個(gè)排?！?/p>
而桂永清卻堅(jiān)決要求立即參戰(zhàn)。他在總隊(duì)部召集營(yíng)長(zhǎng)以上軍官開會(huì)，說：“眼下我們有兩個(gè)選擇，一個(gè)是到后方去擴(kuò)軍，一個(gè)是到前方去作戰(zhàn)。我們教導(dǎo)總隊(duì)不但享受國(guó)軍中的優(yōu)厚待遇，而且裝備都是全新德式?，F(xiàn)在，我國(guó)軍隊(duì)不分黨派，請(qǐng)纓殺敵，而我們卻去后方擴(kuò)編，捫心自問，豈不慚愧？‘養(yǎng)兵千日，用兵一時(shí)’，保國(guó)衛(wèi)民責(zé)無旁貸。我們究竟是上前線作戰(zhàn)，還是到后方擴(kuò)軍，請(qǐng)各位發(fā)表意見。”結(jié)果，全體同意立即開赴戰(zhàn)場(chǎng)。于是，教導(dǎo)隊(duì)在戰(zhàn)場(chǎng)上初露光芒。
１９３７年冬，教導(dǎo)總隊(duì)大部兵力調(diào)往上海作戰(zhàn)，進(jìn)入蘇州河八字橋，接替胡宗南第一軍的防線。桂永清親自督戰(zhàn)，阻止日軍強(qiáng)渡蘇州河。戰(zhàn)斗十分激烈，教導(dǎo)總隊(duì)傷亡逾萬。由于日軍已由金山登陸，教導(dǎo)總隊(duì)乃作戰(zhàn)略撤退。
１１月２５日，國(guó)民政府所屬各機(jī)關(guān)都已遷徙到武漢或重慶去了。１１月２９日，蔣介石親自帶著唐生智、羅卓英、周斕、王敬久、孫元良、宋希濂、桂永清、邵百昌等人到紫金山、雨花臺(tái)、獅子山炮臺(tái)等處視察了南京的陣地。
１２月初，日軍強(qiáng)攻南京，教導(dǎo)總隊(duì)奉令據(jù)守紫金山、天堡城、光華門等處。
在南京保衛(wèi)戰(zhàn)中，紫金山由教導(dǎo)隊(duì)負(fù)責(zé)鎮(zhèn)守，這里也是日軍攻城的第一個(gè)火力點(diǎn)。日軍一上來就狠下殺手，直接向我軍陣地釋放毒氣，企圖乘隙攻上山峰。情況緊急，教導(dǎo)隊(duì)總營(yíng)長(zhǎng)羅雨豐跳將起來，沖入敵陣，展開了血肉橫飛的白刃戰(zhàn)。桂永清催動(dòng)部隊(duì)，迅速?gòu)膫?cè)翼向敵軍壓迫。在拼死抵抗了三天之后，教導(dǎo)隊(duì)終于不支而退，羅雨豐營(yíng)幾乎全部殉陣。
桂永清始終在前線指揮，直到１２月１１日蔣介石下令撤出南京，教導(dǎo)總隊(duì)才分別由徐州撤退，在皖南突圍，到武漢集中。桂永清是最后撤出南京城的。當(dāng)他趕到三汊河的時(shí)候，幾十萬潰軍蜂擁江邊，爭(zhēng)相逃命。哀號(hào)聲呼救聲不絕于耳，數(shù)以千計(jì)的士兵慘遭剿殺。桂永清痛心不已。
桂永清率領(lǐng)殘部，渡過長(zhǎng)江，到達(dá)漢口，向蔣介石請(qǐng)罪，要求處分。蔣介石皺起眉頭，此戰(zhàn)失利雖是大勢(shì)所趨，不能怪罪到桂永清一人頭上，所以就先不提處分了。但是整個(gè)教導(dǎo)隊(duì)打得不成樣子，蔣介石還是十分傷心，也有不滿。
不久，桂永清奉命帶領(lǐng)殘部到河南整休。有一天，蔣介石突然召見桂永清，要他組建第二十八軍，駐防鄭州。桂永清感到這是蔣介石對(duì)他的器重，自己當(dāng)將功補(bǔ)過，披肝瀝膽地為校長(zhǎng)效勞。到達(dá)開封后，桂永清招兵買馬，組成第二十八軍，下轄第三十六、第四十六、第一六和炮兵四個(gè)師。桂永清擔(dān)任第二十八軍軍長(zhǎng)。蔣介石下令該軍劃歸第一戰(zhàn)區(qū)指揮，駐守隴海路，防衛(wèi)開封。４月，第一戰(zhàn)區(qū)副司令長(zhǎng)官薛岳，命令第二百師副師長(zhǎng)邱清泉、第二十八軍軍長(zhǎng)桂永清率部前往蘭封縣阻擊日軍進(jìn)攻武漢，當(dāng)二人趕到蘭封后，桂永清不屑一顧地對(duì)人說：“這些敵人算得了什么！看我們來打它個(gè)落花流水。”果然，他打了一場(chǎng)小勝仗，于是更是忘乎所以，將其夸大為“蘭封大捷”。
１９３８年，國(guó)民黨軍事委員會(huì)成立“戰(zhàn)時(shí)干部訓(xùn)練團(tuán)”，蔣介石自兼團(tuán)長(zhǎng)，陳誠(chéng)以副團(tuán)長(zhǎng)而主其事。陳誠(chéng)看中桂永清在軍事訓(xùn)練上的一套方法，保薦他為訓(xùn)練團(tuán)教育長(zhǎng)。
１９３８年５月，日軍土肥原部渡過黃河，徑取蘭封一帶，截?cái)嚯]海線，引起了整個(gè)戰(zhàn)局的動(dòng)蕩。蔣介石大怒，調(diào)集了１５個(gè)師約１５萬人的兵力，將土肥原師團(tuán)兩萬人馬壓縮在羅王寨、曲興寨一帶，準(zhǔn)備打一場(chǎng)殲滅戰(zhàn)。
第一戰(zhàn)區(qū)決定合圍蘭封，進(jìn)行豫東戰(zhàn)役，第一戰(zhàn)區(qū)司令長(zhǎng)官程潛令黃杰的第八軍駐守商丘。西邊的蘭封、考城一帶，蔣介石則親自點(diǎn)將，令桂永清第二十八軍守防，以阻止日軍西進(jìn)。蔣介石欽點(diǎn)，這是何等的光耀啊，桂永清想著一定要好好完成任務(wù)，不能辜負(fù)了蔣介石的信任。
等二十八軍軍部抵達(dá)羅王殿時(shí)，接到程潛來電：有一加強(qiáng)旅團(tuán)之?dāng)?，竄入蘭封城，該軍改為攻擊蘭封，務(wù)將該敵殲滅。桂永清立即命令第三十六師攻擊蘭封城東、北兩門，第四十六師攻擊蘭封城西、南兩門，第一六師為預(yù)備隊(duì)，炮師掩護(hù)步兵攻城。
此時(shí)，蔣介石來電，限定該軍在兩天之內(nèi)攻克蘭封，否則軍法從事。第二天上午，桂永清指揮全軍發(fā)動(dòng)攻擊，遭到敵軍的頑強(qiáng)阻擊。下午５時(shí)，程潛來急電：“委員長(zhǎng)親臨鄭州指揮?！保窌r(shí)，接到蔣介石打來的電話，命令第二十八軍加緊攻城，不得延誤。
次日上午蔣介石又來電話：“限二十八軍日內(nèi)攻克蘭封，逾時(shí)不克，惟軍長(zhǎng)是問?！?/p>
桂永清當(dāng)即召開師以上軍官緊急會(huì)議，研究作戰(zhàn)方案，并限當(dāng)晚攻克蘭封。
第三天，蔣介石一連數(shù)次電話詢問戰(zhàn)況。桂永清不敢待在軍部，親自到第一線督戰(zhàn)。這時(shí)，第四十六師第一旅旅長(zhǎng)李昌會(huì)負(fù)傷，第三旅旅長(zhǎng)馬威龍陣亡，第二旅旅長(zhǎng)下落不明。桂永清趕到第四十六師，與師長(zhǎng)李良榮共同督戰(zhàn)。在戰(zhàn)斗激烈時(shí)，敵軍從南門突圍向考城逃竄。
當(dāng)蔣介石嚴(yán)詞責(zé)問時(shí)，桂永清說：“此次攻戰(zhàn)，旅長(zhǎng)一死二傷，團(tuán)長(zhǎng)傷亡各二名，營(yíng)長(zhǎng)陣亡九名，連以下官兵傷亡五千余人，已竭盡全力，我在第一線督戰(zhàn)，仍未能完成殲敵之任務(wù)，有負(fù)校長(zhǎng)的使命，請(qǐng)予處分?！?/p>
在豫東戰(zhàn)役中，桂永清所部一個(gè)旅擅自撤離蘭封城，使開封、鄭州面臨日軍的直接威脅，也使得國(guó)民黨軍事當(dāng)局制定的蘭封會(huì)戰(zhàn)計(jì)劃大大受損。國(guó)民黨精銳部隊(duì)近１５萬人，未能殲滅被圍困的土肥原師團(tuán)近３萬人。
蔣介石心里雖然不滿意，但是這時(shí)正是需要用人的時(shí)候，處分也不是什么辦法，還是眼下的戰(zhàn)事要緊，于是命令桂永清迅速撤退到鄭州以西待命。第二十八軍開到開封時(shí)，守軍商震部已經(jīng)撤走。他們撤到中牟時(shí)，國(guó)民黨空軍正在轟炸花園口的黃河大堤。
蔣介石在前線的時(shí)候未追究桂永清的罪責(zé)，但不久之后就給之以顏色。桂永清到達(dá)洛陽白馬寺時(shí)，接到蔣介石的電令：“二十八軍攻擊蘭封不力，軍長(zhǎng)桂永清撤職。三十六師師長(zhǎng)龍慕寒玩忽職守，攻城不力，而且放走敵人，著即押送武漢處決。四十六師師長(zhǎng)李良榮革職留任，戴罪圖功。一六師師長(zhǎng)沈克追擊不力，改任副師長(zhǎng)?！?/p>
第二天，蔣介石又來電：“桂永清仍回任戰(zhàn)干團(tuán)教育長(zhǎng)?！?/p>
不久，桂永清到武漢去見蔣介石，并未受苛責(zé)。他為龍慕寒求情也未獲允。蔣介石只說將二十八軍交給胡宗南指揮，仍派桂永清任“戰(zhàn)干團(tuán)”教育長(zhǎng)。此后，隨著戰(zhàn)局的轉(zhuǎn)移，“戰(zhàn)干團(tuán)”由武漢遷到湖南，再遷四川。
“戰(zhàn)干團(tuán)”在四川釀綦江慘案，桂永清為避風(fēng)頭擔(dān)任駐德武官，無意間套出驚天秘密。不久桂永清又任駐英國(guó)軍事代表團(tuán)團(tuán)長(zhǎng)，留心學(xué)習(xí)海軍業(yè)務(wù)，為回國(guó)打下基礎(chǔ)
“戰(zhàn)干團(tuán)”到四川后，有幾百名青年因要求民主，要求團(tuán)結(jié)抗日。１９４０年６月上旬，桂永清等人制造所謂“共｜｜產(chǎn)黨暴動(dòng)”一案，在“戰(zhàn)干團(tuán)”內(nèi)蔣介石的文臣武將大肆搜捕、嚴(yán)刑拷打所謂“共｜｜產(chǎn)黨”學(xué)生，秘密屠殺二百多人，拷打致殘四十余人，造成綦江慘案，舉國(guó)震驚。
桂永清的暴行一經(jīng)曝光，遭到了全國(guó)輿論的嚴(yán)厲譴責(zé)，國(guó)民黨當(dāng)局的形象再次受損，蔣介石對(duì)此十分惱怒，沖著陳誠(chéng)發(fā)火：“桂永清這個(gè)人成事不足，敗事有余?！?/p>
迫于壓力，國(guó)民政府軍委會(huì)授命張治中前往綦江處理，將首事人員押交軍法機(jī)關(guān)查辦，立即釋放尚在關(guān)押的學(xué)生，并予以慰問。不久，在巨大的社會(huì)壓力下，蔣介石下令將戰(zhàn)時(shí)干部訓(xùn)練團(tuán)各團(tuán)予以撤銷。重慶政府被迫改組軍委會(huì)政治部，由張治中繼任政治部主任，桂永清受免職處分。從此桂永清被打入冷宮。
桂永清被打入冷宮也讓陳誠(chéng)內(nèi)心不安，于是想替他安排個(gè)出路。當(dāng)時(shí)蔣介石向希特勒拋媚眼，不僅因?yàn)閲?guó)民政府與德國(guó)在軍事、經(jīng)濟(jì)領(lǐng)域有多項(xiàng)合作，而且蔣介石還想利用德國(guó)給日本施壓。一時(shí)間，對(duì)德工作顯得十分重要。鑒于桂永清在德國(guó)學(xué)習(xí)過，由他擔(dān)任中國(guó)駐德使館武官是不二人選。
但是桂永清對(duì)于這項(xiàng)任命似乎并不感興趣，以他的資歷，到哪里都至少弄個(gè)軍長(zhǎng)干，鎮(zhèn)守一方，何其威風(fēng)。區(qū)區(qū)駐外武官怎能入得了他的法眼。而且，遠(yuǎn)離了國(guó)內(nèi)舞臺(tái)，恐怕日后的升遷也是大有問題的。
桂永清到了德國(guó)，開始了他在二戰(zhàn)中的軍事外交生涯。他的工作也不過就是與德國(guó)軍界人物喝喝小酒，拉拉關(guān)系，沒曾想還套出了一個(gè)大秘密。
大概是１９４１年４月左右。桂永清像往常一樣跟一個(gè)德國(guó)軍官推杯換盞，幾杯之后已是醉意微露。說到中國(guó)的未來，桂永清表示十分擔(dān)憂，除了日本這一勁敵之外，蘇聯(lián)甚至比日本更危險(xiǎn)。德國(guó)軍官大手一揮，連連擺手，表示蘇聯(lián)不足以成為危險(xiǎn)，不久之后，這個(gè)共｜｜產(chǎn)黨國(guó)家就要被德國(guó)的機(jī)械化部隊(duì)碾壓于履帶之下。桂永清假裝很驚奇，追問緣由。德國(guó)軍官一臉神秘地告訴桂永清，他們的元首希特勒已經(jīng)打算徹底解決蘇聯(lián)問題，而且馬上就要?jiǎng)邮?，６月２２日的德?guó)大炮將證明一切。
桂永清如獲至寶，馬上把這一消息通知了國(guó)內(nèi)。蔣介石對(duì)此將信將疑，于是指示財(cái)政部長(zhǎng)孔祥熙等人在重慶舉行茶話會(huì)招待德國(guó)駐華人員，以打探消息，得知德國(guó)政府最近在軍事行動(dòng)上確實(shí)會(huì)有大動(dòng)作。
不過當(dāng)時(shí)出席茶話會(huì)的人很多，還有國(guó)民黨要人及一些社會(huì)賢達(dá)，打入國(guó)民黨軍事委員會(huì)的中國(guó)秘密黨員閻寶航也在場(chǎng)，他從出席茶話會(huì)的國(guó)民黨元老于右任那里得知了這一消息。于是，中共立即將這一消息通知了蘇聯(lián)。本來蘇聯(lián)早就聽到了一些風(fēng)吹草動(dòng)，而如今中共的情報(bào)則是進(jìn)一步的確證。蘇聯(lián)高度重視并立即行動(dòng)起來。后來的事實(shí)證明，這份情報(bào)是準(zhǔn)確的。
戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)后，斯大林還專門給中共發(fā)來電報(bào)致謝：“感謝你們提供了德國(guó)進(jìn)攻的情報(bào)，使蘇聯(lián)提早進(jìn)入戰(zhàn)備。”追根究底，桂永清也算是做了一件好事。
太平洋戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)以后，重慶當(dāng)局與德國(guó)斷絕了外交關(guān)系，桂永清的任務(wù)也就結(jié)束了。不過此時(shí)蔣介石還不想啟用他，又讓他留駐瑞士，繼續(xù)觀察歐洲的軍事形勢(shì)。
１９４４年，第二次世界大戰(zhàn)已近尾聲，同盟軍在軍事上的聯(lián)系和合作不斷增加，重慶當(dāng)局決定派一個(gè)軍事代表團(tuán)駐在英國(guó)。在團(tuán)長(zhǎng)人選上，何應(yīng)欽極力向蔣介石推薦桂永清。蔣介石拍板，桂永清便以中國(guó)政府駐英國(guó)軍事代表團(tuán)中將團(tuán)長(zhǎng)身份，于１１月３０日前往英國(guó)倫敦。
陳誠(chéng)一直沒有忘記關(guān)照被蔣介石冷落的桂永清，百忙之中還托人給桂永清捎來口信，囑咐其不要荒廢時(shí)光。大英帝國(guó)乃是海上霸主，應(yīng)該在英國(guó)的這段時(shí)間多多研究海軍體制和海軍教育。他還向桂永清透露，自從太平洋戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)以后，由于盟軍的參戰(zhàn)，這場(chǎng)仗肯定要打贏了，戰(zhàn)后必定會(huì)整頓中國(guó)海軍。中國(guó)海軍過去一直被掌控在“閩系”手中，黃埔系無法染指，這也是蔣委員長(zhǎng)的一塊心病。為什么黃埔系不能當(dāng)家呢？主要原因還是黃埔系沒有海軍專家。所以，陳誠(chéng)希望桂永清能夠未雨綢繆，在海軍領(lǐng)域占得先機(jī)。
本來桂永清長(zhǎng)期被冷落，幾近心灰意冷。但是陳誠(chéng)的關(guān)照和囑托讓他又看到了希望。于是他憑借同英、美的聯(lián)合參謀部保持聯(lián)絡(luò)、互通情況的工作關(guān)系，利用有利條件，十分注重與英國(guó)軍方高層人物接觸，對(duì)英國(guó)海軍的體制和教育訓(xùn)練方面了解尤深。
不久，中國(guó)派遣一批年輕的海軍下級(jí)軍官到英國(guó)接受培訓(xùn)，重慶當(dāng)局指令桂永清對(duì)這些青年軍官就近加以節(jié)制和管理。桂永清從此打下了以后統(tǒng)率海軍的基礎(chǔ)。
抗戰(zhàn)勝利后，桂永清被任命為海軍總司令。在桂永清的大力整治下，海軍規(guī)模迅速擴(kuò)大。桂永清耀武揚(yáng)威、得意忘形，向蔣介石夸下?？冢骸肮玻a(chǎn)黨奈何不得！”
１９４５年，抗日戰(zhàn)爭(zhēng)勝利后，英國(guó)政府將幾艘已經(jīng)超齡的軍艦無償送給中國(guó)。桂永清作為重慶當(dāng)局的代表，接受了這批贈(zèng)艦。他還通過各種方式，同英國(guó)海軍中的一位軍官建立了密切的聯(lián)系。
１９４５年年底，陳紹寬由于對(duì)蔣介石準(zhǔn)備發(fā)動(dòng)內(nèi)戰(zhàn)非常憤懣，更不愿意自己破壞“雙十協(xié)定”，做出反共反人民的舉動(dòng)，拒不執(zhí)行蔣介石發(fā)動(dòng)內(nèi)戰(zhàn)的命令，從而被免去海軍總司令職務(wù)，海軍司令部撤銷，改為由軍政部直轄的海軍處，由軍政部部長(zhǎng)陳誠(chéng)兼海軍處長(zhǎng)。
不久，蔣介石接受美國(guó)人的建議，按照美國(guó)的架構(gòu)成立國(guó)防部，海軍處升格為海軍總司令部，仍由陳誠(chéng)兼任海軍總司令。
當(dāng)時(shí)的陳誠(chéng)可謂紅得發(fā)紫，除了擔(dān)當(dāng)國(guó)防部參謀總長(zhǎng)外，還掛名海軍司令，實(shí)在難以兼顧，于是向蔣介石推薦桂永清為海軍副總司令，代行總司令職權(quán)。
在副總司令人選上，蔣介石的親信、特務(wù)頭子戴笠很感興趣，曾多方奔走，似乎很有希望入選。據(jù)說，他的飛機(jī)失事就是由于想赴上海拜會(huì)美國(guó)海軍上將柯克，因此不顧雷雨天氣，結(jié)果卻中途喪命。
老天為桂永清除掉了一個(gè)競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手，桂永清以其在軍界的資歷，在蔣介石集團(tuán)中的地位，以及其駐英期間在海軍建設(shè)上的一些“貢獻(xiàn)”，被陳誠(chéng)推薦為副手。蔣介石先前對(duì)桂永清雖然有些不大滿意，但是畢竟已經(jīng)把他在國(guó)外晾了幾年，懲罰得差不多了。而且，畢竟桂永清還是黃埔一期生，又是黃埔將領(lǐng)中唯一懂海軍的人，蔣介石便把過去的不滿揭了過去，不出幾個(gè)月，又任命其為代理海軍總司令。到１９４６年，國(guó)民政府正式任命桂永清為海軍總司令。
新官上任三把火，桂永清上任后，即大力整頓海軍。他采取了幾個(gè)步驟：一是選拔一批中年海軍軍官去英、美培訓(xùn)，作為艦長(zhǎng)或艇長(zhǎng)的人選；另選派一批年輕海軍軍官分赴英、美學(xué)習(xí)，以作基干力量。二是從陸軍的老部下中，選調(diào)一批人進(jìn)入海軍，作為陸地基干力量。艦艇上均配備陸軍人員擔(dān)任督訓(xùn)官或政訓(xùn)員，外界議論為“陸戰(zhàn)隊(duì)下海”。
與此同時(shí)，桂永清對(duì)海軍系統(tǒng)的機(jī)構(gòu)進(jìn)行大幅度調(diào)整。如撤銷江陰海軍教導(dǎo)總隊(duì)，改組為地面警衛(wèi)總隊(duì)，將海軍修械所改為修理廠，將江南造船廠改為海軍造船所等等。這時(shí)，國(guó)民黨海軍的艦艇有三萬多噸位，其中巡洋艦三艘、驅(qū)逐艦五艘、炮艦十余艘及登陸艇幾十艘。
陳誠(chéng)一直企圖黃埔系獨(dú)攬海軍。桂永清在陳誠(chéng)的授意下，便開始在海軍中建立以自己為中心的新派系——黃埔陸軍派，排斥閩系。桂永清上任，也帶來一大批對(duì)海軍一無所知的陸軍親信人員，突擊提拔，把持、控制了海軍司令部的政工、財(cái)務(wù)、軍需、軍法等要害部門。桂永清上任后不久，海軍司令部５１４名官佐中，閩籍軍官僅剩下了９２人，陳紹寬時(shí)代五股占了四股，而現(xiàn)在卻不到一股。
在陳紹寬主持海軍時(shí)，是不允許國(guó)民黨特務(wù)在海軍中肆意活動(dòng)的。桂永清上任后卻反其道而行之，下令在海軍司令部和各艦隊(duì)內(nèi)設(shè)立新聞處或政工處。熟悉國(guó)民黨軍隊(duì)內(nèi)情的人都知道。新聞處、政工處是蔣介石設(shè)在軍隊(duì)中公開的特務(wù)機(jī)構(gòu)，專門用以監(jiān)視各級(jí)官兵的舉動(dòng)。
從此后，桂永清不僅縱容國(guó)民黨特務(wù)在海軍中大肆活動(dòng)，更為惡劣的是，為排斥異己，他還利用這些特務(wù)逮捕、暗殺一些不肯對(duì)他唯命是從的海軍官員。就連林祥光、魏濟(jì)民這樣的海軍名將也難逃厄運(yùn)，特務(wù)們按照桂永清的旨意，給他們胡亂編造了一個(gè)罪名，逮捕關(guān)押起來。駐青島的美國(guó)海軍將領(lǐng)曾為林祥光說情，但毫無作用，他們大惑不解地說：“一個(gè)出色的海軍將領(lǐng)怎么一夜之間就成了囚徒呢？”
到１９４８年，國(guó)民黨海軍已有現(xiàn)役軍艦４２８艘，總噸位約為１９萬噸，海軍官兵達(dá)４萬余人。隨著艦艇和人員的增多，桂永清重新編組了海軍艦隊(duì)，其方法是：以具有現(xiàn)代快速火力和新穎的航行設(shè)備的艦艇，編為海防艦隊(duì)；以噸位較輕，不適合遠(yuǎn)洋航行的艦艇，編為江防艦隊(duì)；以載運(yùn)量較大，續(xù)航能力強(qiáng)，適于運(yùn)輸兵員和軍用物資的艦艇，編為運(yùn)輸艦隊(duì)；其他１００噸以下的小型艦艇，統(tǒng)一編為９個(gè)炮艇隊(duì)。
蔣介石在桂永清陪同下檢閱海軍
經(jīng)過重新編組后，國(guó)民黨海軍海防艦隊(duì)計(jì)有各型作戰(zhàn)艦只２３艘，總排水量為３６６１０噸；江防艦隊(duì)計(jì)有大小艦船１７艘，總噸位７９４６噸；運(yùn)輸艦隊(duì)計(jì)有艦艇１６艘，總噸位３７２１０噸；炮艇隊(duì)總計(jì)有炮艇３３０艘。炮艇隊(duì)主要擔(dān)任各港灣、淺水區(qū)和江道的巡邏。
時(shí)隔不久，桂永清根據(jù)海軍擴(kuò)張的情況，又把艦隊(duì)改編為海防第一艦隊(duì)、海防第二艦隊(duì)、江防艦隊(duì)、海岸巡邏艇隊(duì)以及第二三至第十炮艇隊(duì)。每一個(gè)艦隊(duì)下又分為幾個(gè)支隊(duì)，每個(gè)支隊(duì)平均配有３艘以上軍艦。
海軍規(guī)模迅速膨脹，人員劇增，對(duì)海軍官兵進(jìn)行訓(xùn)練，以提高作戰(zhàn)能力，成為當(dāng)務(wù)之急。由于國(guó)民黨海軍在最初是由各地軍閥所屬海軍為主組建的．所以海軍原來的訓(xùn)練模式很不統(tǒng)一。閩系、粵系海軍的訓(xùn)練是英國(guó)式的，東北海軍的訓(xùn)練是日本式的，電雷學(xué)校的訓(xùn)練是德國(guó)和意大利式的。
桂永清根據(jù)當(dāng)時(shí)國(guó)民黨海軍大量接收的是美國(guó)海軍艦艇這一實(shí)際情況，決定聘請(qǐng)美國(guó)海軍顧問，對(duì)國(guó)民黨海軍官兵進(jìn)行訓(xùn)練。桂永清采取的第一個(gè)重要措施，就是在青島成立了“中央海軍訓(xùn)練團(tuán)”。這個(gè)訓(xùn)練團(tuán)設(shè)有美國(guó)首席顧問室，由美國(guó)海軍的戚丁福恩上校任首席顧問。此外，還設(shè)有主任室、機(jī)要室、秘書室、參謀室、副官室、總務(wù)課、訓(xùn)練課、機(jī)務(wù)課等機(jī)構(gòu)。
“中央海軍訓(xùn)練團(tuán)”成立后，桂永清飭令全國(guó)各地，調(diào)集在抗戰(zhàn)期間棄海上陸、散居各地的原海軍官兵前來受訓(xùn)。同時(shí)還調(diào)來福州馬尾海軍練營(yíng)，江陰、廣州等處練營(yíng)官兵五六百人來團(tuán)報(bào)到。全部受訓(xùn)官兵編組成若干隊(duì)，每隊(duì)都按軍艦上的編制，配備有艦長(zhǎng)、副艦長(zhǎng)、輪機(jī)長(zhǎng)、航海官、槍炮官、輪機(jī)官、輪機(jī)員、無線電官、電訊員等，還有航海、輪機(jī)士兵各四五十名，實(shí)行“即訓(xùn)即練”、“即練即用”的原則，采取“一對(duì)一”的教學(xué)方法，即以美國(guó)海軍艦長(zhǎng)教國(guó)民黨海軍艦長(zhǎng)、美軍副艦長(zhǎng)教國(guó)民黨海軍副艦長(zhǎng)、美軍輪機(jī)長(zhǎng)教國(guó)民黨海軍輪機(jī)長(zhǎng)，其余的部門也都依此類推。所教授的內(nèi)容也是國(guó)民黨海軍向所未有的兩棲艦隊(duì)技術(shù)，主要是學(xué)習(xí)如何駕駛、操縱登陸艇。受訓(xùn)的國(guó)民黨官兵在登艦之前，先在陸上接受登陸艇上各種設(shè)備及操縱技術(shù)的初步訓(xùn)練，登艦后再作實(shí)地練習(xí)，達(dá)到操縱自如。第一批受訓(xùn)的軍官為２２５名，士兵１６００名，８?jìng)€(gè)星期結(jié)業(yè)后，即著手接收美國(guó)海軍贈(zèng)送的登陸艇。
桂永清之所以成立“中央海軍訓(xùn)練團(tuán)”，以及首先邀請(qǐng)美軍顧問培訓(xùn)國(guó)民黨海軍兩棲艦隊(duì)技術(shù)，完全是為了配合蔣介石發(fā)動(dòng)全面內(nèi)戰(zhàn)，適應(yīng)蔣介石向全國(guó)各地大量輸送軍隊(duì)的需要。
桂永清訓(xùn)練海軍采取的另一個(gè)重要措施是成立海軍軍官學(xué)校。１９４７年４月２５日，按照桂永清的命令，在上海的“中央海軍軍官學(xué)?！迸c在青島的“中央海軍訓(xùn)練團(tuán)”合并，改稱“海軍軍官學(xué)?！?，遷入青島，也稱“青島海軍軍官學(xué)?！保蔀榕囵B(yǎng)國(guó)民黨海軍軍官的唯一一所養(yǎng)成教育機(jī)構(gòu)。
“青島海軍軍官學(xué)?！币财刚?qǐng)美國(guó)人當(dāng)顧問，幫助訓(xùn)練。該校的普通課程如數(shù)理、工程、文史等，聘請(qǐng)山東大學(xué)教授擔(dān)任；海軍課程則以部分海軍軍官和美國(guó)顧問擔(dān)任。招考的學(xué)生必須有高中畢業(yè)的學(xué)歷，學(xué)制四年零三個(gè)月，即三個(gè)月軍訓(xùn)，二年基礎(chǔ)課，二年海軍專業(yè)課程及上艦實(shí)習(xí)。此外，海軍軍官學(xué)校還開辦了接艦訓(xùn)練班和補(bǔ)充軍官訓(xùn)練班，學(xué)制較短，招收有一定軍齡的初級(jí)軍官和士官，以解決國(guó)民黨海軍大規(guī)模擴(kuò)充后初級(jí)軍官不足的問題。
桂永清僅用了一年多一點(diǎn)的時(shí)間，便將國(guó)民黨海軍的規(guī)模擴(kuò)大了數(shù)倍，蔣介石十分滿意，一再夸獎(jiǎng)桂永清會(huì)辦事，有能力，并于１９４７年７月正式任命桂永清為海軍總司令。
畢竟是外行領(lǐng)導(dǎo)內(nèi)行，海軍的規(guī)模雖然擴(kuò)大了，但是戰(zhàn)斗力卻未見長(zhǎng)。海軍中的老派人物和新派人物矛盾重重，勾心斗角，搞得烏煙瘴氣。當(dāng)時(shí)，英美等國(guó)毫不客氣地諷刺中國(guó)海軍是“養(yǎng)在金魚缸里的金魚”，桂永清則是“混在金魚缸里的總司令”。
對(duì)于正在建設(shè)中的國(guó)民黨海軍，未待各方面工作全部就緒，蔣介石就迫不及待地責(zé)令桂永清率領(lǐng)海軍投入內(nèi)戰(zhàn)。由于當(dāng)時(shí)人民解放軍的武器裝備比較落后，根本就沒有海軍和空軍，國(guó)民黨海軍在江海上遇不到正面交戰(zhàn)的對(duì)手，因此，桂永清的氣勢(shì)十分囂張，指揮海軍四面出擊，對(duì)沿海解放區(qū)的安全和水面交通構(gòu)成了極大的威脅。他曾向蔣介石夸下海口：就憑著“重慶”號(hào)，可以從長(zhǎng)江頭打到長(zhǎng)江尾，共｜｜產(chǎn)黨奈何不得！
桂永清主持?jǐn)M訂的國(guó)民黨海軍１９４７年的作戰(zhàn)方針是：“突擊匪區(qū)港口，封鎖匪區(qū)海岸，分區(qū)加強(qiáng)巡弋，控制長(zhǎng)江全域?！边@一作戰(zhàn)方針得到蔣介石的批準(zhǔn)。然而，不過半年時(shí)間，蔣介石發(fā)動(dòng)的對(duì)山東解放區(qū)的重點(diǎn)進(jìn)攻便以失敗而告終。國(guó)民黨軍在解放軍的有力打擊下，喪失了大量有生力量，不得不節(jié)節(jié)后退。
遼沈戰(zhàn)役時(shí)，蔣介石想派海軍壯聲勢(shì)，便派遣英國(guó)人贈(zèng)送的“重慶”號(hào)巡洋艦赴葫蘆島助戰(zhàn)。隨著錦州被林彪攻克，國(guó)民黨軍隊(duì)敗相畢露開始潰逃。１９４８年１０月３０日，桂永清奉蔣介石之命調(diào)艦船赴東北，掩護(hù)在營(yíng)口的劉玉章第五十二軍撤退，他親自坐鎮(zhèn)在“重慶”號(hào)戰(zhàn)艦上指揮。這時(shí)，解放軍已將營(yíng)口包圍，并準(zhǔn)備對(duì)撤逃的第五十二軍發(fā)動(dòng)猛烈攻擊。
軍長(zhǎng)劉玉章連電告急，并說艦船已到營(yíng)口外海一天多，為什么不進(jìn)港。東北“剿總”副總司令杜聿明打電報(bào)給桂永清，他復(fù)電說：“船已進(jìn)港，正親自指揮掩護(hù)撤退中?！睂?shí)際上，桂永清在得知解放軍已包圍營(yíng)口的消息后，便不敢再派軍艦進(jìn)港了。他知道，東北野戰(zhàn)軍從國(guó)民黨軍隊(duì)手中繳獲了許多美國(guó)造的大口徑火炮，他懼怕解放軍的炮兵向他的軍艦開炮，便將艦隊(duì)停在了外海，不敢靠近營(yíng)口港。
在杜聿明三番五次地催促下，直到１１月１日，桂永清才將后來的一只登陸艇及招商局的另一艘小商船駛?cè)霠I(yíng)口港。第五十二軍在撤退中爭(zhēng)先恐后，拼命搶先登船。有些落在后頭的部隊(duì)，當(dāng)他們逃到海邊時(shí)，桂永清指揮下的海軍，把他們誤當(dāng)成了解放軍，隨即開炮轟擊，被打死不少人。官兵們痛罵：“蔣介石、桂永清無良心，自己打自己?！?/p>
１１月２日，解放軍已逼近港口，炮火對(duì)登陸艇和商船構(gòu)成了威脅。桂永清顧不得岸上還有１４萬名沒有上船的部隊(duì)，下令各艦船起錨離港。
仗著船堅(jiān)炮利，在“重慶”號(hào)的掩護(hù)下，一部分國(guó)民黨敗兵得以逃生。桂永清便有些洋洋自得，以為自己就是“海上霸王”。桂永清到葫蘆島后，自吹自擂說：“這次營(yíng)口撤退，共軍追得很兇，一直追到海邊，不是海軍掩護(hù)的話，第五十二軍會(huì)全軍覆沒?！币馑家彭裁麟娬?qǐng)蔣介石表揚(yáng)他的“功勞”。從葫蘆島撤回上海的途中，桂永清更是耀武揚(yáng)威，橫沖直撞。
這年１２月２５日，中共權(quán)威人士聲明要逮捕４３名戰(zhàn)犯，桂永清是其中最主要的戰(zhàn)犯之一。為了給自己留下一條逃生之路，他特指使親信，控制一艘快艇和一艘護(hù)艦艇，以便逃脫時(shí)之急需。
１９４９年年初，人民解放軍大軍南下。桂永清忠實(shí)執(zhí)行蔣介石的指示，積極做好江防部署，以確保長(zhǎng)江天塹，阻止解放軍渡江。他在海軍高級(jí)將領(lǐng)會(huì)議上表示：“受命于危險(xiǎn)之際，當(dāng)盡全力效忠領(lǐng)袖?！毕群笳{(diào)動(dòng)了第二艦隊(duì)和江防艦隊(duì)共１３０艘艦艇，配屬湯恩伯集團(tuán)擔(dān)負(fù)湖口至上海段沿江防御，以及配屬白崇禧集團(tuán)擔(dān)負(fù)宜昌到湖口段江防和守備武漢的任務(wù)。他還密電英國(guó)遠(yuǎn)東艦隊(duì)司令布朗特，要求其“伸出友誼之手”。
但大勢(shì)已去，國(guó)民黨政權(quán)岌岌可危，一切已經(jīng)于事無補(bǔ)。
